Введение. Усиление роли университетов в региональном развитии актуализирует исследования, нацеленные на определение направлений влияния университета на регион и оценку эффективности данного воздействия для регионального развития. Теоретический анализ. Для определения и оценки роли университетов в региональном развитии применяются различные модели, позволяющие проводить многосторонний анализ вклада университетов в инновационное развитие региона. Методика исследования. Разработка методологии оценки вклада университета в инновационное развитие региона предполагает определение подходов к установлению направлений, степени и времени воздействия изменений объекта на среду его функционирования. Оценка вклада университета в инновационное развитие региона – это оценка воздействия его динамики на изменение функциональной структуры региона. Результаты. Оценить вклад университета в инновационное развитие региона на функциональном подходе предлагается по следующим параметрам: наличие экономики знаний в функциональной структуре экономики региона; ее доля, характер взаимодействий функционально-организованных подразделений региональной экономики, наличие/отсутствие инновационной ренты; уровень инновационной конкурентоспособности региональной экономики. Составленная оценка позволит определить наличие и характер вклада (положительный/отрицательный эффект) университета в инновационное развитие региона.