Введение. Актуальность исследования обусловлена необходимостью разработки научно обоснованных подходов к оценке эффективности управления агропродовольственным комплексом на основе анализа его конечных результатов. Особую значимость при этом приобретает системный мониторинг интеграционных процессов и теоретический анализ их влияния на сбалансированность экономических, социальных и экологических показателей АПК. Методология исследования. В статье применены системный и мезоэкономический подходы, с использованием которых агропродовольственный комплекс проанализирован как многоуровневая динамическая система. Проведен сравнительный анализ целевых функций агропромышленного и агропродовольственного комплексов. Литературный обзор трактовок «конечные результаты агропродовольственного комплекса» позволил привести авторское определение данной категории. Разработана концепция конечных результатов как интегрального показателя эффективности, объединяющего экономические, социальные и экологические параметры. Обоснована ключевая роль межотраслевого баланса как инструмента для оценки структурных взаимосвязей и управления интеграционными процессами в отраслях АПК. Эмпирический анализ. Представлена структурная организация таблиц межотраслевого баланса и возможности их применения для исследования эффективности горизонтальных и вертикальных связей в агропродовольственном комплексе. Описаны динамические связи между квадрантами матрицы «затраты-выпуск». Разработана концептуальная модель управления агропродовольственным комплексом, где межотраслевой баланс выступает аналитическим ядром для мониторинга показателей, оценки эффективности интеграционных процессов; обоснования управленческих решений. Выводы. Проведенное исследование показало, что система показателей конечных результатов может служить критерием эффективности управления АПК, позволяя выявлять диспропорции, оптимизировать производственно-сбытовые цепочки и принимать научно обоснованные решения. Применение методологии межотраслевого баланса создает основу для оценки вклада каждого звена АПК в достижение стратегических целей комплекса, что делает инструмент межотраслевого баланса инструментом для управления развитием агропродовольственного комплекса на основе его конечных результатов.