Введение. В последние десятилетия вопросы влияния университетов на региональное экономическое развитие и поиск наиболее эффективных механизмов и инструментов взаимодействия университетов и регионов привлекает все большее внимание исследователей и практиков. Методика исследования. В данной статье поставлена цель – изучить влияние российских университетов на инновационное развитие регионов. Для оценки влияния университетов на показатели инновационного развития регионов были использованы статистические данные Федеральной службы государственной статистики за 2010–2013 гг. В качестве факторов, характеризующих влияние университета, был выбран набор статистически наблюдаемых относительных финансовых показателей эффективности национальных исследовательских университетов. Для оценки уровня инновационного развития регионов были использованы метод интегрального рейтингового анализа инновационной активности и модель производственной функции знания. Результаты. Анализ корреляционной зависимости по анализируемым регионам Российской Федерации показывает значительную дифференциацию показателей и динамики влияния деятельности национальных исследовательских университетов на инновационное развитие регионов. При увеличении объема средств, полученных ими на НИОКР по договорам с хозяйствующими субъектами, по отношению к их общим доходам на 1 млн руб. уровень инновационного развития региона увеличится на 4,8499 единицы, что свидетельствует о хороших перспективах развития для регионов при активном взаимодействии университетов и бизнеса.