В современных условиях одним из перспективных направлений повышения эффективности функционирования экономической системы является формирование инновационных социально-экономических структур, институциональной формой организации которых выступают национальные исследовательские университеты. Теоретический анализ. В статье рассматривается процесс трансформации классических университетов в национальные исследовательские университеты, явившийся, во-первых, следствием неравновесности и нестабильности современного мира; во-вторых, результатом постоянных изменений и хаоса в природных, общественных, экономических и других системах; в-третьих, ориентацией новой экономики на знания и инновации. Показывается изменение задач университетов: от традиционных (учебной и научной деятельности) к новым (коммерциализации научных результатов, полученных в подразделениях университетов), и их роли в экономическом развитии. Обсуждение результатов. На примере реструктуризации регионального вуза в национальный исследовательский университет выявляется фундаментальная позиция регионального вуза в обществе, делающая его ключевым звеном в будущих инновациях, процессах создания новых рабочих мест, устойчивого развития региона и экономического роста страны в целом.