Введение. В центре анализа данной статьи находятся особенности инновационной экономики, которые присущи трансакционным издержкам в процессе перехода экономики страны на инновационные рельсы. С течением времени структура трансакционных издержек претерпевала изменения: в информационной экономике значительную долю занимают издержки поиска информации и издержки измерения, в экономике знаний по- степенно набирают вес затраты на ведение переговоров и заключение контрактов. С последней четверти ХХ в. особо важное место в системе трансакционных издержек занимают затраты на спецификацию и защиту прав собственности, а также издержки на обучение и переобучение кадров, удовлетворяющих потребности инновационной деятельности. Теоретический анализ. От общего объема трансакционных издержек экономических субъектов зависит их конкурентоспособность на внутреннем и международном рынках, потому что меньшие издержки позволяют инновационным предприятиям эффективнее осуществлять свою деятельность, постоянно модифицируя выпускаемый продукт. Это дает возможность занимать выгодное положение по сравнению с другими предприятиями, которые вынуждены значительную часть своей прибыли расходовать не на улучшение технологий, а на покрытие трансакционных расходов. Цель статьи – рассмотреть трансакционные издержки, сопровождающие взаимодействие экономических субъектов в условиях перехода российской экономики на инновационный путь, а также факторы, наличие которых осложняет измерение трансакционных затрат. Важно не только теоретическое обоснование необходимости решения проблемы трансакционных издержек, но также и предложение практических способов отслеживания динамики такого рода затрат с целью их снижения. Результаты. Выявлены барьеры, препятствующие становлению инновационной экономики в нашей стране. Предложен комплекс мероприятий, позволяющих эффективно снизить трансакционные издержки.