Введение. В управлении конкурентными преимуществами агропродовольственного комплекса особую значимость имеет исследование его структурной модернизации на основе учета уровней рисков и неопределенностей экономической ситуации, которые определяют возможные границы использования мер регулирования. Новые возможности исследования открывает межотраслевой подход к анализу и прогнозированию структуры комплекса, учитывающий взаимосвязи и взаимодействия всех его элементов. Теоретический анализ. Оценивается качество экономической динамики комплекса, ее соответствие долгосрочным целям развития российской экономики. Выявлены тенденции изменения межотраслевой структуры, приоритеты государственной поддержки. Эмпирический анализ. Про анализированы итоги импортозамещения в агропродовольственном комплексе. Выявлены факторы и структура его роста. Дана оценка межотраслевой структуры участия различных стадий его продуктовых цепочек в производстве совокупной добавленной стоимости. Характеризуется устойчивость локальных производственных систем комплекса. Рост потребления рассмотрен как самостоятельный драйвер экономического роста комплекса. Проанализировано влияние динамики и структурных параметров инвестиций. Результаты. Доказано, что конкурентная устойчивость агропродовольственного комплекса как многоотраслевой системы во многом определяется его структурной сбалансированностью. На основе межотраслевого анализа выявлены новые направления развития структуры комплекса, уточнены направления его государственной поддержки. Определены приоритеты внешнеторговой политики комплекса.