Самой сложной проблемой регулирования портовых услуг является определение методологических подходов к установлению тарифов на услуги по перевалке грузов в портах. Большая часть существующих методов формирования тарифов на услуги морских портов либо не подходит для практической реализации во всех портах России, либо в действительности приносит гораздо меньше выгод, чем ожидалось. Одна из причин этих тенденций кроется в отсутствии единого оптимального метода, который бы стремительно снижал расходы морских портов.