Разработан авторский подход к проблеме управления инновационными рисками в АПК. Представлена классификация рисков инновационных проектов в АПК. Предложены мероприятия по управлению рисками на стадиях разработки и реализации инновационного проекта. Разработаны направления формирования системы управления рисками инновационных проектов в АПК в зависимости от этапов риск-менеджмента, представляющих собой алгоритм последовательных действий от идентификации риска до контроля эффективности проводимых мероприятий.