Введение. Процесс взаимодействия хозяйствующих субъектов национальной инновационной системы на любом уровне протекает в условиях неопределенности, следовательно, имеют место риски, выявление и грамотное управление которыми необходимо для обеспечения устойчивости как самих хозяйствующих субъектов, так и всей системы, образующейся в результате подобного взаимодействия. Теоретический анализ. На основе обобщения существующих теоретических исследований по проблеме экономических рисков в статье разграничиваются такие понятия, как «риск» и «неопределенность», проводится систематизация рисков, предлагается авторская трактовка категории «риск взаимодействия». Обсуждение результатов. Результатом проведенного исследования является выявление наиболее актуальных и значимых для современной экономики рисков взаимодействия основных акторов национальной инновационной системы – науки, бизнеса и государства, среди которых: риск потери темпов развития хозяйствующего субъекта, риск экономических потерь в виде упущенной выгоды и недополученных доходов, риск невостребованности учебных курсов, риск увеличения бюджетных расходов, низкие темпы экономического роста, риск потери устойчивости системы.