Введение. Актуальность изучения проблематики соотнесения хаотической динамики и генезиса социально-экономических систем типа национального исследовательского университета (НИУ) обусловливается усилением инновационной направленности развития национальной экономики. Теоретический анализ. Рассматриваются новые социально-экономические системы типа национальных исследовательских университетов, представляющих собой реакцию на системные преобразования и изменения, происходящие в современной мировой экономической среде, ориентированной на знания и инновации. Сформулированы особенности таких систем, выявлены позитивные последствия от их создания на различных уровнях развития экономики. Проанализированы позиции НИУ по некоторым показателям эффективности их деятельности. Результаты. НИУ как сложная, открытая к внешним воздействиям, динамически неравновесная и нелинейная социально-экономическая система, состоящая из большого количества взаимодействующих элементов, стационарное состояние которой неустойчиво, гибко реагирующая на запросы со стороны экономики, обеспечивающая повышение международной конкурентоспособности российского образования и науки, кадровое снабжение базовых отраслей инновационной экономики, коммерциализацию научных исследований, в целях стабилизации собственного хаотического поведения должна управляться путем контролируемого хаоса с обратной связью. Соотнесение хаотической динамики и развития социально-экономических систем типа НИУ позволяет сделать вывод как о взаимовлиянии стихийного и рационального начал этих процессов, так и о взаимообусловленности и взаимодействии их самих.