Введение. В статье исследована теневая экономика как хозяйственная система. По некоторым данным, объем теневой экономики в России составляет 46% величины ВВП. Целью научной статьи является изучение институционального механизма трансформирования системы теневой экономики. Теоретический анализ. Исследуются системные признаки теневой экономики, среди которых выделяются: целостность, открытость, приспособляемость, воспроизводимость, структурированность и иерархичность. Рассмотрена структура теневой экономики, в составе которой выделены три сектора: социально опасные (криминальные) формы теневой экономики, различные формы проявления оппортунистического поведения экономических агентов и социально неопасные формы теневой деятельности (например домашняя экономика). Выявлены основное и производные противоречия теневой экономики. Изучен институциональный механизм трансформирования теневой экономики. Рассмотрены его функции и противоречия. Проанализированы два направления трансформации теневой экономики: ограничение (ликвидация) социально опасных форм и легализация (легитимизация) наиболее «здоровых» элементов. Результаты. Сделан вывод о необходимости формирования государственной стратегии институционального трансформирования теневой экономики. Определены принципы и задачи институционализации системы теневой экономики России на современном этапе.