Введение. Национальным исследовательским университетам, созданным в России в 2009 г. для повышения качества российского образования, интеграции научных исследований и развития инновационной составляющей экономики, отведена ключевая роль в генерировании новых знаний, комплексной трансформации инноваций и воплощении их в реальные проекты с целью запуска инновационного развития всех сфер бизнеса во взаимодействии с властью регионов. Эмпирический анализ. Представлены результаты исследования мнений специалистов и экспертов, участвующих в реализации программ НИУ, о существующих связях, взаимном влиянии и факторах взаимодействия университетов, государства и бизнеса в региональных инновационных системах. Значимым аспектом исследования были фактор учета регионального контекста потребностей и интересов региона в планах и программах НИУ, а также исследование механизмов действующего сотрудничества и активных связей между университетами и представителями регио нальной промышленности и власти. Результаты. Выделены основные факторы, способствующие и, напротив, препятствующие развитию сотрудничества региональных акторов – университетов, государства и бизнеса – в региональных инновационных системах. Отмечаются положительные возможности НИУ, получившие свое развитие с момента реализации программы поддержки университетов, а также сложности с законодательной и нормативной базами и вопросами финансирования.