Введение. Для эффективной реализации государственной инновационной политики необходимо формирование новой модели взаимоотношений триады «государство – наука – бизнес» в инновационной системе на принципах концепции «тройной спирали». Эмпирический анализ. Представлены результаты анализа анкетирования специалистов, участвующих в реализации программ научно-исследовательских университетов (НИУ), направленного на изучение авторитетных мнений экспертов о возможных направлениях развития путей взаимодействия университетов, государства и бизнеса для повышения эффективности инновационной системы России. Проведен анализ распределения ролей самими участниками инновационного процесса, что позволило определить положительные тенденции и выявить основные риски, угрозы в ходе реализации программы развития национальных исследовательских университетов. Результаты. Выделены основные направления становления стратегии управления НИУ для повышения роли в инновационном развитии региона: построение взаимоотношений с бизнесструктурами любыми возможными способами; самостоятельное независимое развитие НИУ во всех направлениях; тесное взаимодействие с задачами развития государства и региона и углубление связей с региональными и зарубежными партнерами для осуществления данных стратегий.