Введение. Актуальность изучения проблем управления инновационным портфелем мезоэкономической системы обусловливается необходимостью создания благоприятной инновационной среды на мезоуровне. Теоретический анализ. В отечественных и зарубежных работах по теории и методологии управления проектами особое значение уделяется управлению инновационным портфелям проектов на мезоуровне. Состояние указанных исследований выявляет новые тенденции развития мезоэкономической системы. Говоря об изучении инновационного портфеля на мезоуровне, исследователи отмечают необходимость его измерения в разрезе территориально-кластерной структуры, жизненного цикла технологий, обеспеченности ресурсами и пр. Эмпирический анализ. В статье представлена и обоснована структуризация инновационного портфеля мезоэкономической системы по кластерному признаку на примере Саратовской области, что потребовало проведения количественного анализа инновационных проектов региональных кластеров по стадиям развития в Саратовской области в 2011–2013 гг. и анализа количества организаций, участвующих в разработке инновационных проектов Саратовской области 2011–2013 гг. Результаты. Благодаря проведенным аналитическим исследованиям выявлены проблемы в инновационном портфеле Саратовской области и предложена схема управления инновационным портфелем на мезоуровне согласно этапам процесса «выравнивания» (формирования портфеля) и его «мониторинга и контроля».