Введение. В современных условиях важное значение для любого предприятия имеет непрерывное совершенствование системы управления предприятиями молочнопродуктового подкомплекса (далее – МПП). Эффективная система управления предприятиями МПП позволяет повысить производительность предприятия в целом и способствовать его развитию. При этом необходимо учитывать два момента: рациональное использование ресурсов и максимальное удовлетворение личных и общественных потребностей населения. Основываясь на этом, мы предлагаем алгоритм и методику оценки экономической эффективности системы управления и в целом предприятия молочнопродуктового подкомплекса. Теоретический анализ. В работе исследованы существующие методики по оценке экономической эффективности системы управления и в целом предприятия молочнопродуктового подкомплекса, дан их критический анализ, выявлены общие показатели для всех исследованных методик. Результаты. На основе проведенных исследований были разработаны алгоритм и методика оценки экономической эффективности системы управления и в целом предприятия молочнопродуктового  подкомплекса.