Роль НИУ в развитии региона безусловна, гораздо сложнее определить специфику развития в инновационном аспекте как факторе конкурентоспособности региона. В данной статье изучается роль НИУ именно в развитии инновационной составляющей региона и предлагается система показателей оценки. Теоретический анализ. Инновационное развитие региона представлено в работе в виде системы, одновременно используется и системный подход к изучению данного аспекта. Через ряд функций данной системы рассматриваются факторы, способствующие выполнению системой своих функций и задач. Выделяются подсистемы общей структуры теоретического разделения и приводится пример объединения этих подсистем в рамках одной организации на практике. Результаты. Результатом исследования являются построение алгоритма последовательных действий в рамках оценки инновационного потенциала и развития в целом, применение теории на практике через объединение четырех подсистем инновационного развития региона в рамках одной организации и предложение классификации показателей для оценки потенциала развития региона.