Введение. Поиск эффективных моделей развития высшего образования обусловливает востребованность разработки подходов и индикаторов оценки деятельности региональных систем высшего образования. Целью исследования является развитие методологических основ и подходов к оценке эффективности региональных систем высшего образования через определение индикаторов для комплексной оценки современных тенденций их развития, реализации ими своих функций и их социально-экономической эффективности для разработки рекомендаций по повышению эффективности системы высшего образования в России. Теоретический анализ. Эффективность региональной системы высшего образования оценивается на основе результатов ее функционирования, которые выражаются в реализации образовательной, научно-исследовательской и социальной функций. Актуальным вектором развития данной проблематики является разработка перечня индикаторов, которые должны быть, с одной стороны, доступны из имеющихся источников и количественно измеримы, с другой – должны отражать вклад региональных систем высшего образования в развитие региона и оценивать их эффективность в контексте вовлеченности в региональное развитие. Эмпирический анализ. Индикаторы оценки эффективности должны, соответственно, предоставлять возможность проводить оценку подобных результатов. Система индикаторов оценки эффективности региональных систем высшего образования представлена с позиций функционального аспекта в разрезе входных и выходных ресурсов. Результаты. Разработка методов оценки эффективности региональной инновационной системы и вклада университетов в региональное развитие на основе рассматриваемых индикаторов позволит изучать различные аспекты деятельности региональных университетов, создавая инструментарий оценки их потенциала в содействии региональному экономическому развитию.