Введение. В условиях перехода к экспортно ориентированной экономике инновационное развития аграрного сектора является безальтернативным инструментом обеспечения национальной безопасности государства. Теоретический анализ. В статье рассматриваются теоретические и методические аспекты формирования региональных инновационных агросистем в контексте концепции национальной инновационной системы. Трансформация современного аграрного сектора экономики в инновационную агросистему в рамках НИС требует разработки методологии и инструментария исследования инновационного развития региональных агросистем. Эмпирический анализ. На основе анализа и оценки динамики инновационного развития агропромышленного комплекса выявлена связь интенсификации интеграционного институционального взаимодействия субъектов инновационного процесса и роста инновационной активности агробизнеса. Результаты. Разработаны методические подходы к оценке эффективности региональных агросистем на принципах сбалансированности интеграционного взаимодействия государства, науки и образования, агробизнеса с учетом региональных потребностей и пространственной неоднородности. Предложен перечень ключевых показателей оценки инновационного потенциала региональных агросистем. Построение интегральных индексов развития региональных инновационных агросистем позволит провести типологию регионов на лидирующие и догоняющие и разработать адресные механизмы стимулирования инновационной активности в АПК в условиях перехода к модели экспортно ориентированной аграрной экономики.