Введение. Определение вклада университета в экономическое развитие региона необходимо для стимулирования инновационной деятельности, реализуемой университетами, а также для осуществления государственного регулирования деятельности университетов, что требует более глубокого анализа инновационной активности региональных университетов. Развитие инновационной экономики и постоянный мониторинг инновационной активности региональных организаций требует комплексного подхода, применения математических и инструментальных средств анализа. Методы. В статье предложен комплексный подход к решению проблемы оценивания вклада университетов в экономическое развитие региона. Выполнен анализ связи доходов университета с его ресурсной базой и построена мультипликативная модель зависимости от формирующих эти доходы показателей. Предметом исследования являются индикаторные и функциональные модели, позволяющие оценить вклад университетов в региональное инновационное развитие. Разработан экономико-математический инструментарий для анализа и оценивания вклада университета в экономическое развитие региона. Результаты. Проведены вычислительные эксперименты по данным Росстата на примере Астраханской области. Рассмотрены важные показатели деятельности вузов, произведено структурное и кластерное деление показателей. Выявлены зависимости результативного показателя (доходы вузов) от формирующих их факторов. Рекомендации могут применяться для рационализации финансирования инноваций, способствующих повышению качества экономического развития регионов за счет влияния университетов.